Παρουσιάζουν επίσης έντονη αντιβιοτική και βακτηριοκτόνο δράση. Είναι γνωστό πλέον ότι πολλά αιθέρια έλαια είναι ισχυρότερα από τα πιο ισχυρά βακτηριοκτόνα. Για παράδειγμα, το αιθέριο έλαιο του θυμαριού είναι το ίδιο αποτελεσματικό με την τετρακυκλίνη στην αναστολή του κολοβακτηριδίου.

Για να επιλέξουμε σε πιο αιθέριο έλαιο είναι ευαίσθητο το μικρόβιο, πραγματοποιούμε το αρωματόγραμμα που δε διαφέρει σε τίποτε από το κοινό αντιβιόγραμμα, παρά μόνο στο ότι αντί
για αντιβιοτικό χρησιμοποιούνται αιθέρια έλαια.

Μετά τον εντοπισμό των πιο κατάλληλων χορηγούνται στον ασθενή για εσωτερική χρήση.